Genomic skimming and nanopore sequencing uncover cryptic hybridization in one of world's most threatened primates.

The Brazilian buffy-tufted-ear marmoset (Callithrix aurita), one of the world's most endangered primates, is threatened by anthropogenic hybridization with exotic, invasive marmoset species. As there are few genetic data available for C. aurita, we developed a PCR-free protocol with minimal technical requirements to rapidly generate genomic data with genomic skimming and portable nanopore sequencing. With this direct DNA sequencing approach, we successfully determined the complete mitogenome of a marmoset that we initially identified as C. aurita. The obtained nanopore-assembled sequence was highly concordant with a Sanger sequenced version of the same mitogenome. Phylogenetic analyses unexpectedly revealed that our specimen was a cryptic hybrid, with a C. aurita phenotype and C. penicillata mitogenome lineage. We also used publicly available mitogenome data to determine diversity estimates for C. aurita and three other marmoset species. Mitogenomics holds great potential to address deficiencies in genomic data for endangered, non-model species such as C. aurita. However, we discuss why mitogenomic approaches should be used in conjunction with other data for marmoset species identification. Finally, we discuss the utility and implications of our results and genomic skimming/nanopore approach for conservation and evolutionary studies of C. aurita and other marmosets.

Occurrence of Ehrlichia canis in free-living primates of the genus Callithrix / Ocorrência de Ehrlichia canis em primatas de vida livre pertencentes ao gênero Callithrix

Bacteria of the genus Ehrlichia are Gram-negative and coccoid-shaped microorganisms that cause ehrlichiosis a serious infectious disease that often leads to death. These bacteria present a strong zoonotic potential and primates may act as reservoir hosts. This study involved a molecular analysis to detect these microorganisms in blood samples collected from nineteen primates of the genus Callithrix living free in an Atlantic Forest fragment in the municipality of Viçosa, state of Minas Gerais, Brazil. One of the 19 primates was found to be infected with Ehrlichia canis. This finding points to a new wild host of E. canis with a strong potential for transmission to humans because of its increasing contact with people. This is the first report of Ehrlichia spp. in primate of the genus Callithrix.

Bactérias do gênero Ehrlichia são gram-negativas em forma de cocos. Provocam uma doença infecciosa grave denominada erliquiose que, muitas vezes, causa morte. Essas bactérias apresentam grande potencial zoonótico, e os primatas podem agir como reservatórios. Este estudo objetivou a detecção molecular desse microorganismo em amostras de sangue coletadas de dezenove primatas de vida livre num fragmento de Mata Atlântica pertencentes ao gênero Callithrix, no município de Viçosa, Minas Gerais, Brasil. Entre os 19 espécimes de sagui, um estava infectado com Ehrlichia canis. Esse achado aponta para um novo hospedeiro selvagem para E. canis com grande potencial de transmissão ao homem, devido ao seu crescente contato com pessoas. Este é o primeiro relato de primata do gênero Callithrix infectado com Ehrlichia spp.

Hematology and blood biochemistry in wild hybrid marmosets from the Atlantic Forest, Brazil / Hematologia e bioquímica sanguínea de saguis selvagens híbridos da Mata Atlântica, Brasil

This paper aims to describe the hematological and biochemical values of wild hybrid marmoset (Callithrix penicillata and C. geoffroyi) found in a forest zone of Southeastern Brazil. The marmosets were anaesthetized using ketamine and xylazine hydrochloride. Blood samples (0.5-1mL) were collected through the venipuncture of the femoral vein. Hematological and biochemical analyses were performed using automated counters and biochemical kits. The comparison for sex (adult males vs. adult females) and age class (juvenile vs. adult) physiological data and weight were analyzed through Student's t-test for independent samples. Significant differences between sex were observed in erythrocytes (P<0.01) and hemoglobin (P<0.05). The present study provides essential baseline information on the normal blood values of wild hybrid marmosets, the data of which are not readily accessible from the existing body of scientific literature on nonhuman primates.

Este artigo objetiva descrever os valores hematológicos e bioquímicos de saguis híbridos selvagens (Callithrix penicillata e C. geoffroyi) encontrados em uma zona florestal do Sudeste do Brasil. Os saguis foram anestesiados usando cetamina e hidrocloridrato de xilazina. As amostras de sangue (0,5-1mL) foram coletadas por punção da veia femoral. As análises hematológicas e bioquímicas foram realizadas por meio de contadores automáticos e kits bioquímicos. A comparação dos dados fisiológicos e pesos para o gênero (machos vs. fêmeas) e a classe de idade (juvenil vs. adulto) foram analisados através do teste t de Student para amostras independentes. Observaram-se diferenças significativas de gênero para eritrócitos (P<0,01) e hemoglobina (P<0,05). O presente estudo fornece informação básica essencial sobre os valores hematológicos normais de saguis híbridos selvagens, dados que não são prontamente disponíveis na literatura científica atual sobre primatas não humanos.

Helminths of wild hybrid marmosets (Callithrix sp.) living in an environment with high human activity / Helmintos de saguis (Callithrix sp.) híbridos de vida livre vivendo em ambientes com alta atividade humana

The objective of this study was to identify the helminth fauna in hybrid, non-native marmosets, through analysis of fecal samples. The study involved 51 marmosets (genus Callithrix) from five groups living in places with levels of human impact in Viçosa-MG. The marmosets were caught using a multiple-entrance trap and were anaesthetized. Feces were collected, refrigerated and analyzed by means of the sedimentation technique (Hoffmann-Pons-Janner). Eggs and parasites were identified, but not counted. Most of the marmosets (86%) were parasitized by at least one genus of helminths. Among the infected marmosets, 37% presented co-infection. The intestinal helminths comprised four different taxa: Primasubulura jacchi, Ancylostomatidae, Prosthenorchis sp. and Dilepididae.P. jacchi and Ancylostomatidae had higher prevalences (> 80% and > 40%, respectively) and were found in all marmoset groups. Dilepididae species were found in almost all the groups, but only accounted for around 30% of the marmosets. Prosthenorchis sp. showed a relatively low prevalence (< 10%) and was only found in one group. Although two parasites are commonly found in marmosets and other primates (P. jacchi and Prosthenorchis sp.), our study is the first record for Ancylostomatidae and Dilepididae. Factors like marmosets' feeding behavior and their contact with humans and other species of nonhuman primates seem to be determinants of infection among marmosets.

O objetivo do presente estudo foi a identificação da helmintofauna em saguis híbridos e introduzidos, por meio de análises de amostras fecais. O estudo envolveu 51 saguis do gênero Callithrix, de cinco grupos que ocupam áreas com diferentes impactos humanos. Os saguis foram capturados com armadilha de múltiplas entradas e anestesiados. Fezes foram colhidas, refrigeradas e analisadas pela técnica de sedimentação (Hoffmann-Pons-Janner). Ovos e parasitas foram identificados, mas não contados. A maior parte dos saguis (86%) estava parasitado por, pelo menos, uma espécie de helminto. Do grupo infectado, 37% apresentou coinfecção. A diversidade helmíntica intestinal incluiu quatro táxons diferentes: Primasubulura jacchi, Ancylostomatidae, Prosthenorchis sp. e Dilepididae. P. jacchi e Ancylostomatidae apresentaram as maiores prevalências (> 80% e > 40%, respectivamente) e foram encontrados em todos os grupos. As espécies de Dilepididae apresentaram aproximadamente 30% da prevalência e foram encontrados em quase todos os grupos. A espécie Prosthenorchis sp. apresentou prevalência relativamente baixa (< 10%) e foi encontrado somente em um grupo. Considerando que duas das espécies são parasitas comumente descritos para saguis e primatas (P. jacchi e Prosthenorchis sp.), este estudo consiste no primeiro registro para Ancylostomatidae e Dilepididae. Fatores como o comportamento alimentar e o contato com o homem e outras espécies de primatas não humanos, parecem ser determinantes na contaminação dos saguis.